Narodil sa koncom roku 1182 ako jedno zo siedmich detí, zámožného mužovi francúzskeho pôvodu. Aj napriek tomu, že bol pokrstený ako Giovanni di Pietro, otec ho začal nazývať Francesco (malý Francúz). Dospievajúci Francesco žil životom, ako bolo zvykom v bohatých rodinách, miloval zábavu, povrchnosť, noblesu a luxus.

Keď raz predával luxusné látky na trhu, prišiel k nemu žobrák a poprosil ho o almužnu. Neskôr sa František za ním rozbehol a dal mu všetko čo mal pri sebe, vrátane peňazí za predané látky, ktoré patrili otcovi. Keď sa vrátil domov, ocitol sa v centre otcovho hnevu. V roku 1202 sa pridal k vojenskému ťaženiu proti Perugi a dostal sa na rok do zajatia v mestečku Collestrada, kde vážne ochorel a začal prehodnocovať svoj život. Otec ho zo zajatia vykúpil, ale Francesco prechádzal hlbokou krízou, nakoľko jeho snom bolo stať sa známym rytierom. Miesto toho utrpel porážku, zajatie a zdravotne oslabil. Konverzia sv. Františka bola postupná.

Keď sa vrátil do Assisi v roku 1203, snažil sa naviazať na rovnaký bezstarostný život ako predtým. V roku 1205 začal mať videnia, ktoré nakoniec prinútili ho vrátiť sa z vojenskej výpravy proti Sicílii. Priatelia si začali všímať, že sa začal strániť a začal žiť utiahnutejším životom. Osobitne začal vyhľadávať chudobu. Keď sa ho priatelia pýtali, či sa ide ženiť, povedal, « áno, za najkrajšiu nevestu na svete – slečnu chudobu. » Na púti do Ríma sa pri Bazilike sv. Petra dostal do spoločenstva žobrákov a rozdal všetok majetok, ktorý mal. Pri mestečku Assisi v rozpadnutej kaplnke San Damiano mal videnie Krista z ikony Ukrižovaného Krista a trikrát počul vetu : „František, nevidíš, že sa môj dom rozpadá? Oprav ho!“ Následne sa pustil do opravy dvoch kostolov a jednej kaplnky Anjelskej Panny Márie (Porciunkula), ktorá sa stala centrom Františkánskeho rádu. Druhá kaplnka, ktorú sv. František opravil, bola San Damiano a právu to sv. Klára založila rehoľný rád klarisiek.. Výdavky na opravu kostolov bral z otcovho majetku, ktorý ho následne zažaloval na súde. František sa pred biskupov zdal otcovho dedičstva, vyzliekol sa z jeho šiat a stal sa pustovníkom.

V roku 1219 sa František bosý vybral do Egypta za sultánom, aby ukončil križiacke výpravy. Po návrate bol Františkánsky rád uznaný pápežom. František zinscenoval prvé živé jasličky, čo sa traduje do dnešných dní. V  roku 1224 na sviatok Povýšenia Kríža, ma zjavenie anjela Seráfína, počas ktorého mu boli udelené stigmy na rukách a nohách a práve František sa stal prvým svätým, pri ktorom to Cirkev zaznamenáva.  V kaplnke Porciunkula v roku 3.10.1226 sv. František zomrel a je zachované, že na smrteľnej posteli sa so spolubratmi modlil žalm 142.

Pápež Gregor IX svätorečil Františka 16. Júla 1228 a spolu so sv. Katarínou Sienskou sú svätými patrónmi Talianska. Sv. Ján Pavol II. ho vyhlásil za patróna ochrany životného prostredia. Zároveň je aj patrónom zvierat.
Telesné pozostatky boli objavené až v roku 1818. Osobitná komisia zriadená pápežom Pavlom VI., potvrdila ich pravosť.

Svätý otec František nosí meno práve na znak úcty k sv. Františkovi z Assisi.