Bývalý prefekt Kongregácie pre náuku viery kardinál Müller, sa pri príležitosti 10 výročia vzniku Pápežského inštitútu Benedikta XVI v Regensburgu vyjadril o emeritnom pápežovi ako o teológovi „osobitnej triedy,” ktorý bol pre Cirkev rovnakým prínosom ako velikáni, ktorých nazývame Cirkevnými otcami. Kardinál Müller, ako bývalý biskup Regensburgu, založil Pápežský inštitút a neskôr bol vymenovaný za prefekta Kongregácie pre náuku viery. Prechováva celoživotnú úctu k emeritnému pápežovi a jeho teologickej erudovanosti, keď ho ešte v čase keď bol kardinálom Ratzingerom nazval „Mozzartom teológie.“
Kardinál považuje za prirodzené, že práve regensburgská diecéza má byť tou, ktorá sa stane centrom poznania odkazu Benedikta XVI., bude sa systematicky venovať zozbieraniu jeho celoživotného diela, vrátane listov a príspevkov, bude ich ďalej spracovávať, analyzovať a ďalej šíriť. Kardinál je presvedčený, že Benedikt XVI. je nielen tým, kto sa nechal inšpirovať Cirkevnými otcami, ale je na ich úrovni. Pápežský inštitút má podľa terajšieho predsedu Christiana Schallera ešte 30 000 rôznych podkladov, ktoré nemá spracované a bude trvať dlhé roky, kým sa to podarí.
Kardinál Müller patrí medzi hlasných zástancov posvätnosti manželstva a silne vystupuje proti snahám časti nemeckých biskupov umožniť prijímať eucharistiu aj nekatolíkom. Verejne povedal, že táto snaha je odrazom „straty nadprirodzené viery“ v prítomnosť Krista v Eucharistii u časti nemeckých biskupov. Kardinál Sarah jeho slová neskôr doplnil s tým, že “tí, ktorí chcú prijímať eucharistiu ako katolíci prijímajú, nech sa stanú katolíkmi.”
Pápež Benedikt XVI. pri príležitosti 70 narodenín kardinála, verejne uznal jeho “jasnú ochranu tradičnej viery.” Kardinál Müller odmieta označenia, že je zástupcom tzv. tvrdého konzervatívneho krídla v Cirkvi. Podľa neho tento argument je útokom zo strany tých, ktorí nedokážu obstáť v teologickej debate argumentami a preto je im jednoduchšie uzavrieť rozdiely tým, že existujú progresívni a konzervatívni veriaci.
