Ján z Pomuku sa narodil niekedy okolo roku 1340, v dedinke Pomuk. Na mieste, kde dnes stojí barokový kostol sv. Jána Nepomuckého, stál podľa ústneho podania domček, kde sa Ján narodil.
O jeho vzdelaní je málo známe. S istotou vieme, že študoval na pražskej univerzite. Vieme, že od roku 1369 bol notárom v Prahe a roku 1380 oltárikom u sv. Víta. V rokoch 1383 a 1387 študoval cirkevné právo v Padove. Po návrate do Čiech zastával funkciu kanonika a stal sa až generálnym vikárom pražského arcibiskupa. 20. Marca 1393 bol umučený a jeho telo zhodené z Karlovho mostu do Vltavy. Až 17 apríla našli jeho telo vyplavené na brehu a bolo pochované v kostole svätého Kríža.
Dôvodov, ktoré zapríčinili Jánovu smrť, existuje viac. Kvôli veľkej západnej schizme vzniká nepriateľstvo medzi českým kráľom Václavom IV. a arcibiskupom Janom z Jenštejna. Ich spor bol tiež sporom o menovanie biskupov a vôbec vysokých cirkevných úradov. Tieto spory sa vyhrotili na začiatku roku 1393 kvôli voľbe nového opáta kláštora v Kladruboch. Ján z Pomuku bol Jenštejnovým úradníkom, a túto voľbu potvrdil tak rýchlo, že kráľ čakajúci niekoľko rokov na smrť predchádzajúceho opáta, nestačil vzniesť formálnu námietku a dosadiť svojho človeka.
Podľa katolíckych prameňov z 15. storočia Ján z Pomuku kritizoval samého kráľa a nechcel vyzradiť kráľovi spovedné tajomstvo kráľovnej, ktorej mal byť spovedníkom. Podľa katolíckej cirkvi svedčí o tom, že dôvodom umučenia je posledný z uvedených, i kráľova neobvyklá aktivita v mučiarni. Kráľ mal osobne Jána páliť na boku pochodňou, a tak ho nútiť, aby vyzradil potrebné informácie. Opačný názor je, že kráľ sa pomstil predovšetkým za zmarenie svojich mocenských plánov.
Sv. Ján Nepomucký je uctievaný ako mučeník spovedného tajomstva a patrón pri prírodných pohromách a povodniach (vďaka spôsobu jeho smrti). Jeho vyobrazenie možno nájsť na mnohých miestach, predovšetkým na mostoch.
Svätorečený bol Benediktom XIII 19. Marca 1729.
